疾病住院，农村合作医疗住院当天在住院处就可以登记，外伤的话一般住院3天内登记，如果医疗所在地和医院有合作关系，出院当天就可以报销，如果没有，大概需要1个月左右的时间吧。具体要根据当地政策决定，每个地方都有差异。

的农村合作医疗报销比例是多少

报销比例（1）门诊补偿：（1）村卫生室及村中心卫生室就诊报销60％，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。（2）镇卫生院就诊报销40％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。（3）二级医院就诊报销30％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。（4）三级医院就诊报销20％，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。（5）中药发票附上处方每贴限额1元。（6）镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。

《中华人民共和国社会保险法》第二十九条参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。