用人单位因员工失踪而中止劳动合同是合法的。法律规定员工被法院宣告失踪，单位终止劳动关系是合法的。既然连终止劳动合同都是法律允许的，那么中止劳动合同一般也是符合法律的规定的。员工失踪中止劳动关系是否合法的法律依据

《劳动合同法》第四十四条

有下列情形之一的，劳动合同终止：

（一）劳动合同期满的；

（二）劳动者开始依法享受基本养老保险待遇的；

（三）劳动者死亡，或者被人民法院宣告死亡或者宣告失踪的；

（四）用人单位被依法宣告破产的；

（五）用人单位被吊销营业执照、责令关闭、撤销或者用人单位决定提前解散的；

（六）法律、行政法规规定的其他情形。

《中华人民共和国劳动合同法》（2012修正）：第四章　劳动合同的解除和终止　　第四十六条　【经济补偿】有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：\n（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；\n（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；\n（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；\n（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；\n（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；\n（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的；\n（七）法律、行政法规规定的其他情形。