电子商务合同所依据的数据电文的特殊性，特别是互联网电子数据交换的全球性、虚拟性、打破了传统的地域界限甚至国家界限等特点，使得确定管辖法院可能出现困境。

在我国，首先，就级别管辖而言，多数第一审电子商务案件由基层人民法院管辖。中级人民法院管辖第一审重大涉外案件和在本辖区有重大影响的案件，以及最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件。高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的第一审案件。最高人民法院管辖在全国有重大影响的案件和认为应当由自己审理的案件。

其次，在符合级别管辖法律规定的前提下，除了合法的协议管辖之外，国内电子商务合同纠纷诉讼，由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。