处理医疗事故的投诉部门有：1、医院的专门科室进行投诉；2、卫生局进行投诉；3、如果医院里面的科室以及卫生局投诉均无效的的话，可以向当地卫生部门申请医疗事故鉴定，再到有管辖权的人民法院进行起诉。但是注意投诉之前要收集好投诉需要用到的证据，包括就医的收据、诊疗记录等。

医疗问题怎么投诉

可以先向卫生局投诉，得不到解决可再向法院提起诉讼。医疗事故的举证是“举证倒置”，既不用我们去费力找证据，而是医院方面要拿出不是医疗事故的证据。根据医疗问题的程度我们也可以先向医院主管部门进行投诉，得不到有效处理再向卫生局投诉。

《医疗事故处理条例》第三十八条发生医疗事故争议，当事人申请卫生行政部门处理的，由医疗机构所在地的县级人民政府卫生行政部门受理。医疗机构所在地是直辖市的，由医疗机构所在地的区、县人民政府卫生行政部门受理。