处理检察院退侦两次的方法是：如果案件的事实已经清楚、证据确实充分的，检察机关可以向人民法院提起公诉；如果仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，则应当作出不起诉的决定。

一、检察院在什么情况可以不起诉

检察院不起诉有三种情形：

1、证据不足不起诉：对于二次补充侦查的案件,人民检察院仍然认为证据不足,不符合起诉条件的,应当作出不起诉的决定。

2、法定不起诉：犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有《刑法》第十六条的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

3、酌定不起诉：对于犯罪情节轻微,依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

二、检察院退侦能够不起诉吗

检察院退侦可以不起诉。《刑事诉讼法》第一百七十五条规定，人民检察院审查案件，可以要求公安机关提供法庭审判所必需的证据材料；认为可能存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，可以要求其对证据收集的合法性作出说明。人民检察院审查案件，对于需要补充侦查的，可以退回公安机关补充侦查，也可以自行侦查。对于补充侦查的案件，应当在一个月以内补充侦查完毕。补充侦查以二次为限。补充侦查完毕移送人民检察院后，人民检察院重新计算审查起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

三、案件在检察院多长时间

1、人民检察院审查起诉时间为1个月。重大、复杂案件，可以延长十五日；犯罪嫌疑人认罪认罚，符合速裁程序适用条件的，应当在十日以内作出决定，对可能判处的有期徒刑超过一年的，可以延长至十五日。

2、改变管辖的，改变后的检察院收到案件之日起计算。

3、退回补充侦查，以两次为限，每次1个月；两次可以2个月。

4、补充侦查完毕移送人民检察院后重新计算起诉期限。对于二次补充侦查的案件，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，应当作出不起诉的决定。

5、被害人对不起诉决定的申诉，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。

6、被不起诉人对依据刑诉法第177条第2项做出不起诉决定的申诉，可以自收到决定书后七日以内向人民检察院申诉。