工程合同价款包括在工程招投标阶段通过签订总承包合同、建筑安装工程承包合同和设备材料采购合同以及技术、咨询服务合同确定的价格。同时，根据法律规定，施工合同无效但建设工程经验收质量合格的，可按照合同中关于工程价款的约定折价补偿承包人。

建设工程合同工程价款纠纷涉及确认时效和返还时效。

1、承包人主张预付款、进度款，其诉讼时效为按合同约定的支付期限提出付款要求后二年。

2、承包人主张工程结算款，其诉讼时效自工程通过工程竣工质量验收、承包人提交竣工结算报告后二年，为发包人工程价款的确认时效，如工程价款结算已经确定，自确认之日后二年为承包人的返还时效，如承包人送出工程价款结算报告，发包人在二年未确认结算款，承包人的返还时效最长为4年。

3、承包人主张签证、索赔增加的工程款，诉讼时效为提交签证、索赔资料后二年；如合同约定除斥期间的，除斥期间届满，当事人丧失时效。

《中华人民共和国民法典》第七百九十三条

建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。

建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：

（一）修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；

（二）修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。

发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。