公司股权纠纷可以向法院起诉的。股权纠纷是指在公司存续过程中，股东通过不断行使各种权利来推动公司的运作，股东之间或股东与非股东之间也时常发生股权转让的情况，由此而引发的股权争议案件，包括股东权纠纷、股权转让纠纷，且逐步成为公司法案件的主要类型之一。

诸如利益争夺、政府职能的错误和地方保护主义的存在、国有股和法人股不能流通及不完善的法人治理结构、盲目购并和动机不良购并法制、法规不完善、信息披露不充分等均会引起股权纠纷。

一、预防股权纠纷的方式

1、深入彻底进行企业改制

现代企业制度要求上市公司率先实行所有权与经营权分离。我国于通过了《公司法》后为企业的改制提供了法律蓝本。随着建立现代企业制度试点工作的全面展开。以有限责任和股份有限责任为形式的公司制逐渐取代了计划经济体制下企业仅是政府附庸和命夸执行者的模式，但由于长久累积的问题太多，在实际的国有企业公司化中暴露了很多问题。难以摆脱行政干顶。难以真正实行所有毂和经营权的分离，难以实现公司权力机构、决策机构和执行机构之间的制衡关系一句话。难以建立真正的现代企业。所以，我们必须加大企业改制的力度。使得政企分开，产权明晰，独立经营。

2、转变政府职能

经济全球化是政府间的竞争，是国与国之间的竞争，也是制度的竞争。哪一个国家的政府能够提供更好的投资环境、更清晰的法律环境，谁就能更好地生存和发展，这才是政府职能的准确定位。政府与其忙于搞工程。抓那个项目。不如把精力放在制度规刚的制定和实施上。创建一个良好的投资环境。明晰的法律环境。建立一套激励创新的制度规则才是政府的责任所在。也就是说政府是游戏规则的制定者和仲裁者，而不能再是游戏的参与者。这样才能给游戏的参与者一个公平、公正、公开的游戏环境。

3、完善法人治理结构

公司的法人治理结构是现代企业特有的运行机制。即在所有权与经营权（控制权）相分离的情况下。为了确保公司整个管理机构能够按部就班地实现企业的长期战略目标和计划。而在不同的利益相关者（股东、债权人、管理人员、职工等）之间所作的一整套的组织制度安排。