一、怎样商定土地转让合同的违约金条款

商定土地转让合同的违约金条款由转让人和受让人协商确定，协商时约定违约金的具体数额，在转让协议中载明。

《中华人民共和国民法典》第五百八十五条【违约金】当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。

约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。

当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。

二、土地使用权转让的程序

转让土地使用权流程：

1．当事人携带转让协议、土地使用证、宗地界址点图、建筑物产权证明、法人资格证明，委托书、身份证明等资料申请办理转让手续；

2．承办人审查勘察；

3．经办人报中心及局领导审查批准；

4．签订转让合同并进行公证；

5．办理土地使用权变更登记。

三、在我国土地转让后征地补偿金归谁

土地流转后征地补偿款归集体，由集体分配给本集体经济组织的所有成员。安置补助费归土地承包人所有，青苗及地上附着物补偿费归经营种植者和附着物权利人所有。

农村土地承包经营权依法转让后，原承包人即退出承包关系，受让方与发包方形成新的承包关系，土地承包经营权的权利主体发生变更，受让方成为新的土地承包经营权人。

土地被征收后，受让方有权享有相应的土地补偿费。土地补偿费是指因国家征收农民集体所有的土地对土地所有者和土地使用者的补偿。土地被征收后，不仅需要对土地所有权人进行补偿，还需要对用益物权人即土地承包经营权人进行补偿。

《中华人民共和国民法典》：第八章　违约责任　　第五百八十五条　当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。\n　　约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。\n　　当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。