《中华人民共和国土地管理法》第四十七条第二款、第三款规定了征用耕地的补偿和安置补助，并有具体的计算标准，但因征地拆迁农民在宅基地上自建房屋，没有补偿标准。现实中，政府一般参照《城市房屋拆迁管理条例》和《细则》进行补偿。由于城市国有土地上的房屋与农村集体土地上的房屋在土地所有权性质、所有权主体、土地管理方式、拆迁安置对象等方面存在差异，《城市房屋拆迁管理条例》在我国并不具有直接意义在实施过程中，各级政府制定的补偿标准非常随意，拆迁程序和补偿标准非常混乱。这种随意性不仅造成补偿标准不统一，而且造成补偿标准不合理，因此难免产生诸多纠纷，不仅极大地影响了党和政府的声誉，也直接影响到拆迁的进程和效率。在一些地区，为了引进投资，政府制定了较低的补偿标准，以牺牲农民的利益换取所谓的投资环境，使农民的利益得不到保护。法律赔偿标准的缺失导致此类纠纷矛盾尖锐，处理难度加大。

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农民依法通过宅基地取得集体土地使用权，农民在宅基地上建造的房屋属于农民私有财产，这是不争的事实。但在农村集体土地征收的现实中，由于缺乏相应的法律规范来明确和规范农村集体土地征收补偿的法律关系，地方政府与村组签订了土地征收协议，其中属于农民私有财产的房屋一并处理。这种约定混淆了私有财产与公有财产，其违法性显而易见。从法律角度看，住房是农民的私有财产，农民是住房所有权的主体，只能由农民自己支配。因此，集体土地上房屋拆迁补偿应当与土地征收补偿相分离。同时，房屋拆迁补偿协议作为一种民事法律关系，应当由被拆迁人与被拆迁人协商达成。但由于我国《土地管理法》已将集体土地上的房屋纳入征地补偿范围，房屋所有人作为被拆迁人，不直接参与协商，也不通知被拆迁人到现场评估房屋价格。取而代之的是被拆迁人单方面指定评估机构对房屋进行评估，补偿安置通常由开发商进行商人说了算，协议中有些条款是霸王条款，而一些地方政府为了优化地方投资环境，加大了行政干预力度。拆迁人无论同意与否都要拆迁，剥夺了农民在整个拆迁过程中表达意愿、维护自身权益的机会，严重侵害了拆迁人的权益。实际上，征地费中包含的房屋拆迁安置补偿一揽子计划，是对农民作为被拆迁人失去房屋所有权的考虑。他们怎么能没有发言权呢？这显然违背了民法上的意思自治原则，不能体现法律意义上的拆迁人与被拆迁人平等主体关系。业主和第三人的合法权益不受保护。

集体土地上的房屋拆迁和城市房屋拆迁涉及许多法律关系。如拆迁居民房屋涉及的搬迁补助费和临时安置费，农村集体经济组织以土地使用权形式与其他单位和个人合资经营的非居民房屋拆迁涉及的补偿费等，而拆迁造成的生产经营损失和预期收益的补偿，对于从事房屋生产经营并持有营业执照的宅基地自建房屋的使用和房屋拆迁安置问题具有重要意义，而农村房屋承租人拆迁中涉及的租赁法律关系等，不仅涉及房屋所有人的权益，还涉及房屋所有人以外的第三人的权益。由于我国缺乏明确的法律法规来规范上述问题，相当一部分地区忽视了上述问题。在实际拆迁中，房屋仅作为集体土地上的附着物进行补偿，对农村房屋的用途、性质和相关权利没有进行详细区分，严重损害了房屋所有人和第三人的合法权益。任何私房拆迁都必须给予合理补偿，这是一个基本的国际标准。国家的发展必然要征用土地，城市化建设必须拆迁，拆迁需要补偿。同时，无论是对城镇居民还是农民，拆迁补偿都要公平合理。如果能给予公平合理的补偿，就不会给国民经济建设和城市发展带来更大的社会矛盾和利益冲突，这是一个亟待解决的重要问题。它剥夺了农民搬迁时的起诉权。

由于我国《土地管理法》没有将农民的房屋与征地分开，而是将其纳入“地上附着物”中，因此在具体操作中，征地单位通常会将土地补偿费和“地上附着物”补偿费依法支付给政府或村组对补偿方案进行一揽子，补偿方案由政府或村组与征地单位协商确定。根据《土地管理法》，补偿方案须经有关政府批准。对补偿方案有异议或者不能达成协议的，由政府部门处理。从法理上讲，当一方的私权受到另一方的侵害时，一方或双方当事人可以向法院提起民事诉讼来解决问题。当私权受到公权的侵害时，只有一种途径，即申请行政复议，提起行政诉讼。该行为必须是具体的行政行为，因为在我国，根据我国行政诉讼法的有关规定，被征收人与被征收人不能就征收补偿的有关问题达成协议的，当事人不能同时起诉政府，对行政裁决不服的，可以向人民法院提起行政诉讼。由于农民个人不是征地的当事人之一，他们不能行使这种诉权，只能被迫接受政府的裁决