员工感染新型冠状病毒，拒绝隔离的处理是危害公共安全的，有可能被以危害公共安全罪定罪处罚；若员工因此被追究刑事责任，单位可依法单方与其解除劳动合同。故意传播新型冠状病毒肺炎，危害公共安全的，依照《刑法》第114条、第115条第1款的规定，按照以危险方法危害公共安全罪定罪处罚。

《刑法》第114条

放火、决水、爆炸以及投放毒害性、放射性、传染病病原体等物质或者以其他危险方法危害公共安全，尚未造成严重后果的，处三年以上十年以下有期徒刑。