灵活就业医疗保险和职工医疗保险的区别主要有：

1、缴费基数不同。

灵活就业人员参加医疗保险的缴费基数一般为当地上年度在岗职工年平均工资60％；职工参加医保的缴费基数为职工月工资总额。

2、参保对象不同。

灵活就业人员的参保对象为未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员及其他灵活就业人员；就业年龄范围内无雇工的个体工商户等；

职工医疗保险的参保对象为城镇在职职工及单位退休职工。

3、缴费的方式不同。

灵活就业人员医保由灵活就业人员自已按一定的基数和比例全额缴纳，可以选择按月缴纳，也可以选择按年缴纳；

职工医疗保险由单位和职工共同缴纳，一般情况下是按月缴纳。

灵活就业医保住院时怎么报销

住院要报销先要明确是属于灵活就业医疗保险，而非是职工医疗保险，住院报销比例在60％－90％之间，省级、市级、区级的住院报销比例也不同，而且各地的具体政策不相同，具体的报销比例建议到当地的社保部门咨询，以社保部门的回复为准。

《中华人民共和国社会保险法》第二十三条

职工应当参加职工基本医疗保险，由用人单位和职工按照国家规定共同缴纳基本医疗保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加职工基本医疗保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加职工基本医疗保险，由个人按照国家规定缴纳基本医疗保险费。