两个孩子的抚养权问题可以协商处理的。如果双方可以就孩子抚养协商一致，按照双方当事人的意思出具判决书；如果双方不能就孩子抚养协商一致，法院会按照一人抚养一个子女的原则进行判决；判决抚养的时候法院会参考孩子的年龄，性别等因素进行判决。对于法院的判决结果不满意的可以进一步提起上诉。法院会本着对子女的成长和生活更加有利的条件来决定最终的抚养权归属的问题。

一、离婚后子女抚养权能否变更？

离婚时法院将子女判给对方，后来状况发生变化，想自己抚养子女，这在法律上称为抚养权的变更。

抚养权变更的方式有两种：协议和起诉。父母双方协议变更子女抚养关系的，应予准许。因此只要父母双方都同意变更子女抚养关系，对抚养费如何支付也达成了一致，没有矛盾和纠纷，就可以了。

如果父母有一方不同意变更就须通过起诉的途径解决。依照我国相关法律的规定：离婚后，一方要求变更子女抚养关系的，或者子女要求增加抚育费的，应另行起诉。一方要求变更子女抚养关系有下列情形之一的，应予支持。

(1)与子女共同生活的一方因患严重疾病或因伤残无力继续抚养子女的；

(2)与子女共同生活的一方不尽抚养义务或有虐待子女行为，或其与子女共同生活对子女身心健康确有不利影响的；

(3)十周岁以上未成年子女，愿随另一方生活，该方又有抚养能力的；

(4)有其他正当理由需要变更的。