检察院不起诉不会留有案底。案底又称犯罪人员犯罪记录制度，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录，而该犯罪档案一般存放至公安部门与相关国家机关。人民法院依法审判，判处有罪的，才会有案底，检察院不起诉也就不会被判决，自然不会有案底。

一般醉驾不起诉有案底吗？

醉酒驾驶可定为“危险驾驶罪”，是刑事犯罪，会进入档案，就是留有案底。不起诉是指人民检察院对公安机关侦查终结移送起诉的案件，经审查认为犯罪嫌疑人不构成犯罪或者依法不应追究其刑事责任，从而决定不向人民法院起诉的一种决定。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条第二款规定，相对不起诉，是指人民检察院对侦查机关侦查终结移送审查起诉的案件，经过审查后，认为犯罪嫌疑人的犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，依法作出不起诉的决定。在相对不起诉的条件下，人民检察院既可以作出不起诉决定，也可以作出起诉决定。此时需要向上级检察院报送不起诉意见书。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪；（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；（二）犯罪已过追诉时效期限的；（三）经特赦令免除刑罚的；（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。