第一，公安机关与司法、检察机关之间的冲突。法院、检察院和公安部门对管辖权有不同的理解和解释。因此，在立案、批捕、起诉、审判等环节，往往难以顺利进入诉讼程序。第二，同一机关内的属地管辖权冲突。主要表现为诉讼地与结果地、主诉地与次诉地、先受案地与后受案地之间的管辖冲突。有的地方公安机关经调查后将案件移送外国公安机关，但移送的公安机关以移送的公安机关有管辖权为由拒绝受理，第三是级管辖权冲突。公安部门没有发布可操作的级别管辖标准，导致级别管辖混乱