专利权质押合同登记程序是：1、出质人与质权人向国家知识产权局提出专利权质押登记申请；2、国家知识产权局自收到专利权质押登记申请文件之日起7个工作日内进行审查并决定是否予以登记；3、经审查合格的，国家知识产权局向当事人发送《专利权质押登记通知书》。

股权质押合同未登记是否有效

股权质押合同未登记的，合同成立但是质权未设立，该合同是无效的。以股权出质的，质权自办理出质登记时设立，合同自登记手续办理完毕时生效。

根据2021年实施的《民法典》第四百四十三条规定，以基金份额、股权出质的，质权自办理出质登记时设立。

基金份额、股权出质后，不得转让，但是出质人与质权人协商同意的除外。出质人转让基金份额、股权所得的价款，应当向质权人提前清偿债务或者提存。

《中华人民共和国民法典》第三条以专利权出质的，出质人与质权人应当订立书面质押合同。质押合同可以是单独订立的合同，也可以是主合同中的担保条款。第十一条国家知识产权局自收到专利权质押登记申请文件之日起7个工作日内进行审查并决定是否予以登记。第十二条专利权质押登记申请经审查合格的，国家知识产权局在专利登记簿上予以登记，并向当事人发送《专利权质押登记通知书》。质权自国家知识产权局登记时设立。