如果协议有明确条款说明盖章后生效，但只有法人代表签字，没盖公章，协议还不能生效。没有这个盖章后生效的条款，双方有法人代表签字，没盖公章，协议就已经生效。

一、原来的补充合同可以作废吗？

原合同不可以作废，补充合同本身就是对原合同的部分约定不明确的条款的一个补充说明，是在原合同生效之后才订立的，不会因为成立补充协议导致原合同作废，只会在补充合同生效后导致原合同的部分条款无效，但是其他部分条款依然是有效的。

根据2021年实施的《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。

二、合同附加协议怎么写

合同的附加协议，具体的内容是要根据主体合同的性质以及合同双方协商的结果为主。合同的附加协议是对原本合同未尽事宜或者在履行过程当中有新的情况发生，需要另外进行过补充或者变更内容。特别注意一下几点：1、当事人的基本信息要和附加协议的当事人保持一致；2、附加协议的内容应该要对原合同未尽事宜的详细说明，此处注意不能和原合同内容互相矛盾；3、附加协议的结尾要写上相应的日期和落款，若是原合同中表示不得变更条款，则附加协议中对该条款的变更就不发生法律效力。附加协议和原合同一样，都应该是自愿签署，经过两方签字盖章后生效。

三、与公司签定合同后对条款发生歧义怎么处理

与公司签定合同后对条款发生歧义的处理是当事人之间可以协议进行补充或者协议不成的，可按照合同相关条款、交易习惯来确定。如果仍有歧义的，要看具体的歧义条款的内容再依法确定。根据2021年实施的《民法典》第五百一十条规定，合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。