医疗保险主要有三方面费用支出：

1、医疗费用的偿付。参保人患病并发生医疗费用后，医疗保险机构对其进行经济补偿的费用支出，称为医疗费用的偿付。它只包括用于偿付在医疗保险保障范围内发生的医疗服务直接费用支出，而与医疗服务有关的间接费用（如患病期间病人的收入损失、去医院就诊所支付的交通费、住宿费等）不包括在内。通常医疗补偿费支出占医疗保险基金的80%~90%。在我国城镇职工基本医疗保险制度中，基本医疗保险基金是根据以收定支、收支平衡、略有结余的原则进行医疗费用补偿的。

2、管理费。管理费是指医疗保险机构为了维持正常的运作所需要的与医疗保险服务业务有关的各种费用支出。主要包括：

（1）工资：专职和兼职医疗保险管理人员的工资；（2）公务和劳务支出：出差、宣传、培训、调研、资料报表和监督等；（3）水、电、煤、气和房租；（4）资产折旧和设备维护；（5）其他：奖金等。一些国家的管理费较高，包括医疗保险机构人员的工资、奖金、福利或直接提供医疗保险覆盖服务的医生的工资以及保险机构的新型设备、设施和业务费等。美国的管理费最高，达25%；加拿大较低，仅为7%。一般认为将管理费控制在10%以内为宜。在我国，这部分费用是不允许在医疗保险基金中提取的，而是由财政拨款解决。

3、风险储备金。风险储备金是指医疗保险机构为应付超常医疗风险，指按照有关规定从医疗保险费中按一定比例提取的一种专用后备金。主要用于超常风险（如某种疾病的大流行）发生时，能够有足够的资金保障参保人的基本权益。国外一些文献认为，风险储备金的提取比例通常占保险费的4%~8%。