股东会能否直接撤销或者变更董事会决议，应当区别处理：

1、违反法律、行政法规的董事会决议，股东会有权宣布此类决议无效；

2、会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规、公司章程或者决议内容违反公司章程的董事会决议，无权直接撤销或者变更董事会决议；

3、违反股东会决议的董事会决议股东会是公司法确立的公司的权力机构，股东会有权以股东会决议的形式撤销或者要求董事会自行撤销；

4、董事会超出职权范围的董事会决议的撤销。董事会决议超出职权范围时，作为公司权力机构和最高决策机构的股东会有权追认、变更、废除或者撤销；

5、董事会在职权范围内作出无瑕疵的董事会决议。这种决议是董事会依法、依规履行职责形成的，股东会无权变更或者撤销。

股东会决议撤销的方式

1、股东提起确认股东会决议无效或者可撤销诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。

2、公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。

3、股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。

《中华人民共和国公司法》第二十二条公司股东会或者股东大会、董事会的决议内容违反法律、行政法规的无效。

股东会或者股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或者公司章程，或者决议内容违反公司章程的，股东可以自决议作出之日起六十日内，请求人民法院撤销。

股东依照前款规定提起诉讼的，人民法院可以应公司的请求，要求股东提供相应担保。

公司根据股东会或者股东大会、董事会决议已办理变更登记的，人民法院宣告该决议无效或者撤销该决议后，公司应当向公司登记机关申请撤销变更登记。