公司被上市公司收购后，公司原股份怎么处理由收购协议而定，如果是全资收购的一般向被收购公司的股东支付资金，收购股东的股份。

《上市公司收购管理办法》

第五十条

收购人公告上市公司收购报告书时，应当提交以下备查文件：

(一)中国公民的身份证明，或者在中国境内登记注册的法人、其他组织的证明文件；

(二)基于收购人的实力和从业经验对上市公司后续发展计划可行性的说明，收购人拟修改公司章程、改选公司董事会、改变或者调整公司主营业务的，还应当补充其具备规范运作上市公司的管理能力的说明；

(三)收购人及其关联方与被收购公司存在同业竞争、关联交易的，应提供避免同业竞争等利益冲突、保持被收购公司经营独立性的说明；

(四)收购人为法人或者其他组织的，其控股股东、实际控制人最近2年未变更的说明；

(五)收购人及其控股股东或实际控制人的核心企业和核心业务、关联企业及主营业务的说明；收购人或其实际控制人为两个或两个以上的上市公司控股股东或实际控制人的，还应当提供其持股5%以上的上市公司以及银行、信托公司、证券公司、保险公司等其他金融机构的情况说明；

(六)财务顾问关于收购人最近3年的诚信记录、收购资金来源合法性、收购人具备履行相关承诺的能力以及相关信息披露内容真实性、准确性、完整性的核查意见；收购人成立未满3年的，财务顾问还应当提供其控股股东或者实际控制人最近3年诚信记录的核查意见。

境外法人或者境外其他组织进行上市公司收购的，除应当提交第一款第(二)项至第(六)项规定的文件外，还应当提交以下文件：

(一)财务顾问出具的收购人符合对上市公司进行战略投资的条件、具有收购上市公司的能力的核查意见；

(二)收购人接受中国司法、仲裁管辖的声明。