保密协议与竞业禁止协议的区别在于：（1）保密义务一般是法律的直接规定或劳动合同的附随义务。无论用人单位与劳动者是否签订保密协议，劳动者都有保守商业秘密的义务。竞业禁止以雇主和雇员之间的协议为基础。如果没有协议，就没有必要承担竞业禁止义务。（2）保密义务要求保密人员不得泄露商业秘密，重点不得“说”。竞业禁止义务要求劳动者不得在竞争性单位工作，不得经营自己的竞争性业务，重点不得“做”。

（3）劳动者的保密义务仅限于保密，并不限制劳动者的就业权利，而竞业禁止义务不仅限制了秘密的公开，而且限制了劳动者的就业，劳动者的负担非常沉重。

（4）一般来说，保密义务期限较长，只要商业秘密存在，劳动者的保密义务就存在，而竞业限制期限较短，最长不超过两年。