知识产权出资瑕疵的处理：第一，对公司承担补足出资责任，公司或者而其他股东可作为权利人想瑕疵股东提出补足出资的诉讼，对于未履行出资义务或未完全履行出资义务的股东义务在于全面履行出资义务。对于抽逃出资的股东，公司或者其他股东有权要求其返还抽逃的出资本金以及利息。第二，对公司债权人承担补偿清偿责任。

知识产权出资权利存在瑕疵的法律风险

对于技术出资方而言，应避免其存在任何知识产权合法性、完整性的法律风险。如果职务技术成果、软件职务作品等存在权属争议，将从根本上影响出资的成立。建议可考虑在投资协议或合同中写明：“投资方保证，所投入的高新技术投资前是其独家拥有的技术成果，与之相关的各项财产权利是完全的、充分的，并且没有任何瑕疵”，并约定相应的缔约过失责任。

《中华人民共和国公司法》

第二十七条股东可以用货币出资，也可以用实物、知识产权、土地使用权等可以用货币估价并可以依法转让的非货币财产作价出资；但是，法律、行政法规规定不得作为出资的财产除外。

对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。法律、行政法规对评估作价有规定的，从其规定。

第三十条有限责任公司成立后，发现作为设立公司出资的非货币财产的实际价额显著低于公司章程所定价额的，应当由交付该出资的股东补足其差额；公司设立时的其他股东承担连带责任。