如果在侦查阶段，公安认为证据不足的话就会直接撤销案件。如果在检察院审查起诉阶段，检察院会建议公安撤回案件，检察院也可以直接做不起诉处理。如果在法院审判阶段，法院可以判处无罪。

审查立案阶段从严格意义上讲，自诉案件在审查立案阶段尚未进入刑事诉讼程序，对于被害人(或起诉人)向人民法院提起刑事自诉，人民法院经审查后，发现证据不足作何处理。

虽然刑事诉讼法及相关司法解释未作明文规定，但是，人民法院应和审查民事、行政案件立案时一样，应当作出不予受理的书面裁定，以对被害人(或起诉人)的起诉权作出积极明确的否定评价。

立案后至开庭前阶段自诉案件在此阶段已经进入刑事诉讼程序，但尚未进入案件实体审理阶段。自诉案件开庭审判应当同时具备犯罪事实清楚、有足够的证据两个条件。

而对于证据不足的自诉案件，是不具备开庭审理条件的，显然人民法院不应开庭审理，而应责令自诉人限期补充证据，在自诉人补证不足的情况下，应当说服自诉人撤回自诉或者裁定驳回自诉人的自诉。

开庭后至宣判阶段自诉案件在此阶段已经进入案件实体审理环节。

证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。证据不足，不能认定被告人有罪的，应当以证据不足，指控的犯罪不能成立，判决宣告被告人无罪。

依照上述法律及司法解释的规定可以看出，自诉案件一旦经过开庭进入实体审理阶段，人民法院发现证据不足，应当依法对被告人作出实体判决，以证据不足判决宣告被告人无罪，而不能裁定驳回自诉人的自诉。当然，自诉人在宣告判决前，可以同被告人自行和解或者撤回自诉。