独立核算的分公司需要跟随总公司一起合并。

分公司虽然独立核算，但其仍不是独立法人，根据相关法律规定，分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。据此，设立分公司的总公司才是独立法人，因此分公司需要跟随总公司一并合并。

独立核算的分公司如何进行报税

独立核算的分公司报税的流程：首分公司要先去银行开立一个扣税账户，然后去税所对该账户进行备案，只要分公司有在网上进行申报，税务机关就会到期在网上自动对分公司的应缴税务进行扣款。公司设立分公司的，应当自决定作出之日起30日内向分公司所在地的公司登记机关申请报税登记。

《中华人民共和国民法典》第七十四条法人可以依法设立分支机构。法律、行政法规规定分支机构应当登记的，依照其规定。分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。