司法赔偿的程序如下：1、违法行为得到确认。2、向赔偿义务机关提出赔偿请求。3、赔偿义务机关逾期不予赔偿或者赔偿请求人对赔偿数额有异议的，赔偿请求人可以自期间届满之日起30日内向其上一级机关申请复议。4、向复议机关的同级人民法院赔偿委员会申请作出赔偿决定。

司法赔偿的概念

根据《中华人民共和国国家赔偿法》和《中华人民共和国行政诉讼法》得规定，我国国家赔偿法律制度分为两个部分，即行政赔偿和司法赔偿。行政赔偿是指国家行政机关及其工作人员违法行使行政职权，造成公民、法人和其他组织的合法权益受到损害时，国家根据受害人或其近亲属的申请，依法给予赔偿的法律制度。司法赔偿是指国家司法机关（人民法院、人民检察院、公安、国家安全、监狱）及其工作人员违法行使侦查、起诉、审判、执行及监狱管理等职权，造成公民、法人和其他组织的合法权益受到损害时，国家根据受害人或其近亲属的申请，依法给予赔偿的法律制度。行政赔偿由人民法院行政庭依照行政诉讼的程序审理，作出行政判决。司法赔偿由人民法院赔偿委员会依照司法赔偿决定程序审理，作出赔偿决定。

《全国人民代表大会常务委员会关于修改《中华人民共和国国家赔偿法》的决定》二十七、将第三十二条改为第三十九条第一款修改为：“赔偿请求人请求国家赔偿的时效为两年，自其知道或者应当知道国家机关及其工作人员行使职权时的行为侵犯其人身权、财产权之日起计算，但被羁押等限制人身自由期间不计算在内。在申请行政复议或者提起行政诉讼时一并提出赔偿请求的，适用行政复议法、行政诉讼法有关时效的规定。”本决定自２０１０年１２月１日起施行。《中华人民共和国国家赔偿法》根据本决定作相应修改并对条款顺序作相应调整，重新公布。