一、已经认定工伤但发现不存在劳动关系怎么办

已经认定工伤但发现不存在劳动关系，按照工伤赔偿。

根据《最高人民法院关于印发的通知》(法办[2011]442号)第59条的规定和劳社部发[2005]12号《关于确立劳动关系有关事项的通知》的规定，由于劳动者与发包者不具备劳动关系的构成要件，劳动者与发包者之间不具有劳动关系。虽然劳动者与发包者不存在劳动关系，但是不能因此否定不是工伤，也就是说工伤认定已经突破了劳动关系这一前提，即使不存在劳动关系，也可以认定为工伤。

二、哪些情况下应中止工伤认定

劳动保障行政部门受理工伤认定申请后，遇有以下情形之一的，中止工伤认定并向申请人出具《工伤认定中止通知书》：

(一)劳动者与用人单位就是否存在劳动关系发生争议，在依法定程序处理劳动争议期间的;

(二)需要有关部门对相应事故的结论为依据，而有关部门尚未作出结论的;

(三)由于其他不可抗力导致工伤认定决定难以作出的;

(四)法律、法规、规章规定的其他需要中止的情形。

工伤认定中止的情形消失或申请人提供新的证据后，恢复工伤认定程序。工伤认定中止的时间不计算在工伤认定的时限内。劳动保障行政部门受理工伤认定申请后，经进一步调查核实，对不符合受理条件的，应当终止工伤认定，并向申请人出具《工伤认定终止通知书》。