补充协议的效力应及于整个合同。补充协议是对原合同的补充或者变更，如果补充协议条款与原合同不一致或发生冲突，应当以补充协议为准，但原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。

补充协议效力大于合同效力吗

依据《民法典》的规定，在签订合同的时候，合同中的内容如果对某些问题约定不明确的，可以签订补充协议进行约定，而被协议的效力一般是大于主合同的。

当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。所以，补充合同的效力优于主合同的效力。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。

如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。

主合同与补充合同主合同与补充合同一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。

《中华人民共和国民法典》第五百一十条合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。