法院认定的驰名商标遇到侵权时，只能由拥有这个驰名商标的企业被动地通过打官司来维权，但国家工商总局认定的驰名商标在遇到侵权时，却能得到工商部门的主动保护。

在实际执行中，国家工商总局认定的驰名商标，得到的跨类保护比较多，如商标局在审查商标注册申请以及工商部门在审查企业名称申请时，一般都会对驰名商标予以照顾，也就是说，如果申请注册的商标是复制、摹仿或者翻译他人已经在中国注册的驰名商标，准备申请注册在不相同或者不相类似的商品上时，商标局一般都会主动地对这些商标不予核准注册，各地工商部门也会主动地不予核准与驰名商标相同或者相类似的公司名称。

但司法认定的驰名商标，很难享受到这样的待遇，因为由各地中级法院认定的驰名商标，并没有在国家工商总局统一备案和统一公告，商标局和各地工商局压根就不知道他是法院认定的驰名商标，当然不会主动地给予保护。

法院认定的驰名商标，遇到别的公司侵权时，就只能自己提出异议或争议，或者向法院提起诉讼。遇到外地公司把他的驰名商标作为公司名称时，他也只能向法院提起诉讼。

总的来说，法院认定的驰名商标遇到侵权时，只能由拥有这个驰名商标的企业被动地通过打官司来维权，但国家工商总局认定的驰名商标在遇到侵权时，却能得到工商部门的主动保护。