存疑不起诉的话可以申请国家赔偿。因为法律规定，对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的，受害人有取得赔偿的权利。

而存疑不起诉就是对嫌疑人实施了强制措施后又决定不起诉而终止追究刑事责任的情况，所以存疑不起诉的话可以申请国家赔偿。

决定存疑不起诉注意事项

人民检察院根据上述情形作出不起诉决定后，如果发现了新的证据，证明案件符合起诉条件时，可以撤销不起诉决定，提起公诉。对于存疑不起诉应当注意的是，只有案件经过两次补充侦查后，人民检察院仍然认为案件事实不清、证据不足时，才可以作出不起诉决定。因此，案件经过两次补充侦查和案件事实不清证据不足，是刑事诉讼法规定的存疑不起诉的必要条件，人民检察院必须严格执行，只有这样，才能既可以防止放纵犯罪分子，又可以防止久侦不决、久押不放的现象，更好地保护公民的合法权益。

在醉驾案件中如果发生了存疑不起诉的这种状况，也必须要根据当时的情况才能分析驾驶证会不会被吊销，假如司法机关既不能证明是醉驾，也不能证明是酒驾，那就有可能是当事人从头到尾都没有违反国家的法律制度，这样交管部门就无权吊销驾驶证。

《国家赔偿法》第十七条，行使侦查、检察、审判职权的机关以及看守所、监狱管理机关及其工作人员在行使职权时有下列侵犯人身权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：

一、违反刑事诉讼法的规定对公民采取拘留措施的，或者依照刑事诉讼法规定的条件和程序对公民采取拘留措施，但是拘留时间超过刑事诉讼法规定的时限，其后决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；

二、对公民采取逮捕措施后，决定撤销案件、不起诉或者判决宣告无罪终止追究刑事责任的；

三、依照审判监督程序再审改判无罪，原判刑罚已经执行的；

四、刑讯逼供或者以殴打、虐待等行为或者唆使、放纵他人以殴打、虐待等行为造成公民身体伤害或者死亡的；

五、违法使用武器、警械造成公民身体伤害或者死亡的。