女方有外遇离婚孩子抚养权的归属若是子女不满两周岁，原则上由母亲直接抚养，有外遇并不必然导致抚养权归另一方。若是两周岁以上的子女，应当协商，协商不了的，应当起诉，并提供自己抚养孩子比对方抚养更有利于孩子的证据。

协议离婚孩子抚养权归谁？

由男女双方对孩子抚养权的归属进行协商。双方可以协商孩子抚养权归属孩子母亲，也可以归属孩子的父亲。离婚之后，不影响父母与孩子的法律关系。不管孩子抚养权归属谁，父母都应当对孩子尽抚养教育的义务。不直接抚养孩子的一方，应当支付部分或全部的抚养费。

《民法典》第一千零八十四条

离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。

《最高人民法院关于适用中华人民共和国民法典婚姻家庭编的解释（一）》第四十六条

对已满两周岁的未成年子女，父母均要求直接抚养，一方有下列情形之一的，可予优先考虑：

（一）已做绝育手术或者因其他原因丧失生育能力；

（二）子女随其生活时间较长，改变生活环境对子女健康成长明显不利；

（三）无其他子女，而另一方有其他子女；

（四）子女随其生活，对子女成长有利，而另一方患有久治不愈的传染性疾病或者其他严重疾病，或者有其他不利于子女身心健康的情形，不宜与子女共同生活。