工程结算纠纷的处理，以预算部为主，其它部门配合完成。国务院以及县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门负责。根据《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第4条规定，国务院住房城乡建设主管部门负责全国工程发承包计价工作的管理。县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门负责本行政区域内工程发承包计价工作的管理。其具体工作可以委托工程造价管理机构负责。

工程结算纠纷诉讼时效是多久

工程结算纠纷诉讼时效是三年的时间。《民法典》第188条规定：“诉讼时效期间从知道或者应当知道权利被侵害时起计算。”结算请求权的诉讼时效应自该权利被侵害时起算，具体表现为发包人怠于履行结算义务的违约行为成立之时，因此，确认结算请求权之诉讼时效期间的起算点，应考察双方当事人关于结算义务履行期限之具体约定。当事人约定自工程竣工验收合格之日起结算工程价款的，工程竣工验收之后，发包人怠于履行该结算义务时，承包人可向法院起诉请求履行，其诉讼请求的时效期间起算点为工程竣工验收合格之日。

当事人约定工程竣工验收合格后，由承包人向发包人提交结算文件，发包人在接到结算文件的合约定期限内予以审核并作出答复的，发包人应当在该期限内确确表示同意或不同意该结算结果，表示不同意的，应及时配合承包人重新结算。发包人未在约定期限内答复，则答复期限届满可认定其怠于履行结算义务，诉讼时效自答复期限届满之日起算；发包人在仅约定期限内答复不同意结算结果的，但怠于与承包人进行协商，重新进行结算的，视为其怠于履行配合结算义务，承包人请求结算的诉讼时效自答复期限届满之日起算。

《建筑工程施工发包与承包计价管理办法》第四条国务院住房城乡建设主管部门负责全国工程发承包计价工作的管理。县级以上地方人民政府住房城乡建设主管部门负责本行政区域内工程发承包计价工作的管理。其具体工作可以委托工程造价管理机构负责。