第一，因犯罪主体上的争议引起的职能管辖异议。具体包括四种情况：

一是贪污受贿犯罪中的主体争议。这类主体争议主要是指犯罪嫌疑人本身具有双重身份，既有国家工作人员的身份，又有非国家工作人员的身份，两者之间在法律上不具有直接的关系，但实质上存在内在的委任、委派关系。最典型的就是“红顶商人”贪污受贿行为。

二是渎职侵权犯罪中的主体争议。前面已经论述，在渎职罪的管辖上，由于刑法第九章渎职罪的犯罪主体，都以国家机关工作人员为限，与刑诉法第2章管辖第18条第2款中的国家工作人员渎职犯罪形成矛盾，而“六部门联合规定”又支持《刑法》的规定，在实践中，常见的给国家和人民利益造成重大损失的是国有资产的流失，而造成国有资产流失的多是国有公司、企业在生产经营中行使管理职能的国家工作人员，纯国家机关工作人员由于不具体掌握国有资产、或虽掌握税收形成的国有资产，但很少对外签订合同，造成公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的情况不多。对于国家工作人员(尤其是国有公司、企业委派到非国有公司、企业单位的人员)代表国家来行使管理公共财产、国家和社会事务的，其渎职造成损失的，由谁管辖，争议较大。

三是共同犯罪中主体争议。实践中，国家工作人员与非国家工作人员勾结共同贪污、受贿、挪用公款的案件很多，对这类犯罪一般均由检察机关立案侦查，但是，对于受委派到非国有企业的国家工作人员与该企业的非国家工作人员勾结共同占有企业财物或收受贿赂的，尤其是非国家工作人员所起的作用较国家工作人员更为明显时，如何确定共犯的身份，就存在较大的争议，导致对案件管辖的异议。

四是同一人以不同身份犯数罪的管辖异议。这类异议主要有两种情形：一是数罪均是利用职务类犯罪，如犯罪嫌嫌疑人由国家机关或国有企事业单位调到非国有公司企业任职，或由非国有企业调到国有企事业单位任职；或者由于企业改制、性质发生变化，导致犯罪嫌疑人主体身份因之改变，其在任职期间，分别利用不同的职务之便犯罪，数罪涉嫌不同机关管辖的；二是数罪分别利用职务类犯罪和普通刑事犯罪，如受贿罪与爆炸罪，受贿罪与交通肇事罪。对于上述管辖异议，涉嫌数罪是分别管辖，还是由其中一家管辖，由哪一家管辖?实践中做法并不统一，虽然“六部门联合规定”第6条作了原则规定，但以主罪划分管辖仍值得商榷，在司法实践中尤其是在立案前“次罪”与“主罪”未必泾渭分明，在立案前根据已有材料可能难以区分次罪与主罪。

第二，因事实上的争议引起的职能管辖异议。

具体也包括四种情况：

一是公款与非公款的争议。这类案件最常见于村级基层组织人员职务犯罪中。立法解释将村级基层组织人员在非法占有土地征用补偿费等七种情形时视为国家工作人员，但是，上级政府将这些款项支付给村基层组织后，该款项往往与其它款项混同，性质会变得难以界定，从而导致管辖异议。

二是委派与委托、聘任争议。国家机关、国有企事业单位人员到非国有公司企业任职，是否存在委派关系是界定其犯罪主体身份的关键。表面上，委派与委托、聘任容易区分，但是，实际情况往往要复杂得多。

三是对偶型犯罪中的管辖争议。受贿罪与行贿罪是最常见的对偶型犯罪，对于涉嫌受贿犯罪、行贿犯罪由检察机关立案管辖，法律有明文规定，但是由于受贿罪与行贿罪的构成要件并不相同，构成受贿罪，并不一定有行贿罪成立，这样，当检察机关在查处受贿罪时，并不能想当然地对行贿人进行立案查处，更不能对不构成行贿罪的行贿人采取必要的强制措施。

第三，法律适用上的争议。

一是定性争议引起的管辖异议。如前所述，司法实践中有很多案件在侦查终结之后，甚至在法庭上，对于定性仍有较大的争议，其中一部分就涉及到案件立案管辖问题，如侵占与职务侵占、盗窃、诈骗案争议，在此不再赘述，对这些管辖争议在法庭上仍未能当即解决，却要求在立案当初就予以分清，确与司法规律相违背。

二是由于立法修改、司法解释规定有变化，导致案件管辖发生变化。如司法解释规定有变动时，造成主体身份或事实定性改变，所以，不应根据判例来判别管辖是否错误。