农村合作医疗与公司社会保险冲突，只能清算一份。城镇医疗保险包括城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险等。城镇居民医疗保险是以没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民为主要参加对象的医疗保险制度。

农村合作医疗和社保可以同时申报吗

农村合作医疗和社保不可以同时申报。如两种医疗保险参与，只能享受待遇，因为基本医疗保险报销比例高于新型农村合作医疗保险，建议参加基本医疗保险后，新型农民停止，只参加基本医疗保险。根据《中华人民共和国社会保险法》的规定，国家建立健全城镇居民基本医疗保险制度，城镇居民基本医疗保险结合个人缴费和政府补贴，享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、60岁以上低收入家庭的老年人和未成年人，由政府补贴。

《中华人民共和国社会保险法》

第二十四条国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。