农村合作医疗和公司上的社会保险有冲突，只能报销一份。

城镇医疗保险包括城镇职工医疗保险、城镇居民医疗保险等等。

城镇居民医疗保险是以没有参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和没有工作的居民为主要参保对象的医疗保险制度。它是继城镇职工基本医疗保险制度和新型农村合作医疗制度推行后，党中央、国务院进一步解决广大人民群众医疗保障问题，不断完善医疗保障制度的重大举措。

城镇居民医疗保险主要是对城镇非从业居民医疗保险做了制度安排。这一制度的出现在中国社会保险制度改革的历程中具有重大意义，指明了中国社会保险制度改革的方向。

城镇职工基本医疗保险是我国医疗保险的组成（城镇职工医疗保险，城镇居民医疗保险，新型农村合作医疗）之一，是为补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。

通过用人单位和个人缴费，建立医疗保险基金，参保人员患病就诊发生医疗费用后，与医疗保险经办机构给与一定的经济补偿，以避免或减轻劳动者因患病、治疗等所承受的经济风险。

农村医疗保险，是我国社会保障的一部分，我国农业人口占全国总人口的63．91％，农村医疗保险，可以使广大农民享受到农村医疗保险的实惠，同时也是社会保障的一项重要内容，更是我国经济建设的重要环节之一。

1、农村合作医疗和社会保险中的医疗保险是有冲突的，不能同意享受这两项待遇。所以，没有必要同时参加。

2、建议注销掉合作医疗，只参加职工医疗保险。农村合作医疗每年交费一次，不产生个人账户余额，所以不存在转移费用的问题。

3、如果你参加了农村养老保险，也与社会保险中的养老保险相冲突。建议停止交纳农村养老保险。至于农村养老保险已交纳的份额转移问题，可到当地的社会保险经办机构（人社局）去详细咨询。

因此，在两个保险之间存在着一定的冲突，在进行报销的时候只能是选择其一。因此，对于购买社保的朋友来说还是需要进行社保的报销，对于没有购买社保的农村居民就可以根据合作医疗保险进行相关报销。