一、部分股东不同意公司合并怎么办

依照法律的规定，有限公司的合并决议必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。股份有限公司的合并决议必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。那么，公司合并决议通过，但反对公司合并的股东该怎样处理呢?

依照《公司法》的规定，对公司合并投反对票的股东可以选择依照最终的决议，参与公司合并。另外，对公司合并决议持异议的股东有权要求公司以合理价格收购其股份。

二、相关法律规定

《中华人民共和国公司法》第四十四条规定：“股东会的议事方式和表决程序，除本法有规定的外，由公司章程规定。股东会会议作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经代表三分之二以上表决权的股东通过。”

《中华人民共和国公司法》第一百零四条规定：“股东出席股东大会会议，所持每一股份有一表决权。但是，公司持有的本公司股份没有表决权。股东大会作出决议，必须经出席会议的股东所持表决权过半数通过。但是，股东大会作出修改公司章程、增加或者减少注册资本的决议，以及公司合并、分立、解散或者变更公司形式的决议，必须经出席会议的股东所持表决权的三分之二以上通过。”

《中华人民共和国公司法》第一百四十三条规定：“公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：

(一)减少公司注册资本;

(二)与持有本公司股份的其他公司合并;

(三)将股份奖励给本公司职工;

(四)股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份的。”