1、单证纠纷。单证纠纷主要发生在承运人和托运人之间。此类纠纷包括：因单证瑕疵引起的纠纷；因承运人签发单证时的失误引发的纠纷；因托运人未与收货人达成协议，却要求签发特殊单证（倒签或预借提单）而在承运人与托运人之间产生的纠纷。

2、货物损失、灭失的纠纷。该类纠纷一般发生在承运过程中。造成此类纠纷的原因很多，可能是由于托运人自身的过失造成的，如包装不良、标识不清引起，也可能是承运人的过错造成的，如积载不当、操作失误、运具选择不当等。另外，还有不可抗力造成的货物损失、灭失，应根据风险分配原则分担风险。

3、延迟交付纠纷。这是指因承运人在合同约定期限以后进行交付而发生的纠纷。纠纷发生的原因主要有：因承运货物发生交通事故；因积载能力而必须将货物延迟发送；因过失造成中转滞留；因某种原因而绕行导致发生纠纷。

4、运杂费纠纷。这是因为托运人或收货人的故意或过失，未能及时或全额交纳运费，以及因在履行合同中所发生的其他费用而发生的纠纷。

5、运输工具损害纠纷。这是指因托运人的过失，造成对承运人的运输工具损害而引发的纠纷。

三、运输合同纠纷诉讼请求包括哪些依据我国相关法律的规定，运输合同纠纷诉讼的请求是什么，要依据造成纠纷的原因而定，包括解除运输合同、支付运输费用、赔偿损失等。《民法典》第八百零九条【定义】运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。第八百一十条【公共运输承运人】从事公共运输的承运人不得拒绝旅客、托运人通常、合理的运输要求。第八百一十一条【按约定期间运输义务】承运人应当在约定期间或者合理期间内将旅客、货物安全运输到约定地点。第八百一十二条【按约定路线运输义务】承运人应当按照约定的或者通常的运输路线将旅客、货物运输到约定地点。