1、保证期间与保证债务诉讼时效期间的客体不同。

在保证人与债权人的相互的关系中，保证人对债权人负担的是保证债务，相对应，债权人对保证人享有的保证债权，此债权具有特殊性，保证人在保证合同中所允诺的义务对债权人而言只是期待权，并不具有现实的效力。换言之，债权人只有在主债务履行期届满后向保证人发给给付要求时，债权始生效力。而一般债权的请求权，只要债务履行期限届至，债务人就有履行给付的义务，就发生效力，不以债权人发给给付要求为生效条件。

保证期间是为保证人利益而设的，众所周知，保证人在保证主债权债务关系中只有义务而无权利，保证期间的价值就在于维持原事实状态，(即债权人不享有现实请求权)，而对否定原事实状态的权利的行使进行期限界定，而这种权利也就称为形成权，它的行使使双方之间形成了现实债权债务关系，使保证债权的请求权得以成立。

从本质上来说，保证期间针对的是债权人形成权的行使期限。

一般说来，诉讼时效应从权利人能够行使请求权时起算，而权利人之能够行使请求权，从客观上看，必须权利确受侵害；从主观上看，必须权利人知道或应当知道权利被侵害。所诉讼时效期间从知道或应当知道权利被侵害时起计算。我国民法对诉讼时效后果的处理，是使当事人仅丧失请求法院强制保护其权利的可能性，但实体权利本身仍然存在，此时的权利沦为自然债，不在法律强制范围之内。债权人在保证期内要求保证人履行给付后，保证人不履行债务的，进入保证债务诉讼时效期间。

2、保证期间与保证债务诉讼时效期间长短不同。

保证期间分为约定保证期间和法定保证期间，法定保证期间为六个月，但这只是任意性的规范，如果当事人约定的期限不同于法定期间，从其约定。对保证期间不加任何限制的规定使得实践中常出现这样的情况：当事人约定保证人的保证责任直至债务人将主合同履行完毕时解除。即主债务人将主合同履行完毕时解除。主债务不灭，保证人永远要承担保证责任。这样约定有悖设立保证期间的立法宗旨，保证期间价值在于维持原事实状态，对债权人行使权利进行期限界定，促其尽快行使，即法律的愿意是希望债权债务早日得到履行。

对此约定究竟是视为没有约定或约定不明，依法定为六个月，还是依其约定过长超过主债务普通诉讼时效期间定为3年，倾向于认为保证期间长于二年的，即视为当事人没有约定保证期间，应适用法定保证期间六个月。对当事人约定保证期间与主债务履行期一致的，同样应视为没有约定，按照法定期间六个月来确定保证期间，以利于保护债权人的利益。

关于保证债务的诉讼时效，问题没有作出特别规定，因此应当适用《对诉讼时效期间作出的一般性规定，即保证诉讼时效期间为3年的普通诉讼时效期间。

3、保证期间与诉讼时效期间的起算点不同。

一般保证和连带责任保证其起算点都始于主债务履行期届满，但是，由于一般保证具有补充性，保证人享有检索抗辩权(又称先诉抗辩权)，即在主债务纠纷未经审判或仲裁，并就债务人财产依法强制执行仍不能履行债务前，保证人对债权人可以拒绝承担保证责任。这样债权人在主债务履行期届满后要求保证人履行给付，该行为会因保证人行使检索抗辩权而阻却。而债权人在主合同纠纷经过审判或仲裁，并就债务人的财产依法强制执行后再要求保证人履行给付，可能会超过保证期间，此时如果认定债权人因保证期间届满而丧失要求保证人履行给付的请求权，显失公平，因此，法律特别规定，债权人已就主合同提起诉讼或者仲裁的，保证期间适用诉讼时效中断的规定。该中断的状态是延续的，一直持续到诉讼程序或者仲裁程序完成并就债务人财产强制执行完毕之后。中断状态完成后，保证期间重新计算。