一、如果违法建筑租赁合同无效应该如何进行赔偿

按合同约定赔偿，合同没有约定的按实际造成的损失赔偿。双方应当按照租赁合同的约定履行自身的义务，租赁合同被确认无效后承租人有权要求出租人退还所缴纳的租金、押金等合同约定的费用以及赔偿其他额外损失。

《民法典》第一百五十七条

民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。

二、房屋租赁合同纠纷诉讼时效怎么算

房屋租赁合同纠纷的诉讼时效一般是三年，最长时效二十年。

《民法典》第一百八十八条

向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。

诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。

三、房屋租赁合同纠纷管辖法院

房屋租赁合同纠纷，虽与不动产发生牵连，但因诉争法律关系发生的依据是当事人间存在的合同，其性质仍属于债权债务纠纷，并非不动产物权纠纷，不应适用专属管辖，所以应适用合同纠纷的特别地域管辖，由被告住所地或者合同履行地（即不动产所在地）人民法院管辖。

《中华人民共和国民法典》：第六章　民事法律行为 第三节　民事法律行为的效力　　第一百五十七条　民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。