一、上海市税务局查账的后果

1、不管哪位财务做账，如果税务机关查处涉税违法问题，均由公司承担责任。但如果涉嫌犯罪，除了公司会被处罚金外，公司法人代表、相关责任人员等承担刑事责任，继任的会计，没有刑事责任；

2、不配合税务检查，不肯交资料，通常是对单位处罚。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第七十条之规定：纳税人、扣缴义务人逃避、拒绝或者以其他方式阻挠税务机关检查的，由税务机关责令改正，可以处一万元以下的罚款；情节严重的，处一万元以上五万元以下的罚款；

如果公司涉嫌犯罪，财务人员按照财务经理授意拒不提供相关资料也负有一定刑事责任。

税务局查账一般查哪些，分两种情况：一种是国税查帐，另一种是地税局查帐，这两者查帐内容有所不同，各有侧重点的。

二、国家税务局查帐的相关规定

1、国家税务局、地方税务局必须从严控制税务检查次数，对同一纳税人的专项检查每年最多各进行2次；但在日常征收过程中对纳税人申报、纳税事项的核实检查，以及对举报、协查、上级批办事项的检查，不受检查次数限制。

2、各级税务机关尽量实行综合检查，力避单税种、单项目的重复检查。要规范检查程序，限制检查时间，对每一纳税户的检查原则上不超过15天，检查结果在辖区所属系统内相互认可，信息共享。

3、国家税务局、地方税务局之间要建立经常性的信息情报互通制度，尽量联合开展检查；分别进行的检查，也要采取联席会议或其他形式及时沟通情况和反馈信息，共同促进检查的针对性和有效性。

4、实行税务检查计划制度，既要贯彻执行《规定》的具体措施，也是推进与深化税收征管改革的重要步骤，各级税务机关要对落实情况进行认真督促检查。对不顾大局，违抗命令，擅自进行检查，变相增加检查次数，以及在实施检查中徇私舞弊、玩忽职守或滥用职权的，要严肃追究有关人员责任。

三、税务局查账的内容

1、账本设置是否完备；

2、凭证是否规范；

3、是否全部申报各税种；

4、是否全额申报各税种；

5、是否有偷税行为等；

税务局查账前一般都会先履行告知这一行为，而且进行你单位或者公司时必须是两人以上且出示工作人员检查证和税务检查通知书，除非特大案件，一般不会突然袭击！