如何处理集体建设用地纠纷土地纠纷的调解程序因当事人主体的不同而不同。根据《中华人民共和国土地管理法》第十三条的规定，土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决。（2）双方协商不成的，由当地人民政府土地管理部门调解签订土地界线协议。（3）依照土地管理法第十三条的规定，全民所有制单位之间、集体所有制单位之间的土地所有权、使用权争议，协商、调解不成的，全民所有制单位和集体所有制单位之间的关系，由区、县级以上人民政府处理决定。个人之间、个人与全民所有制单位之间、个人与集体所有制单位之间的土地使用权纠纷，由乡级人民政府或者区、县级人民政府决定。（4）情节严重，造成重大财产损失和人身事故，触犯法律的，可以由人民检察院或者人民法院直接处理。（5）县、市、省行政区域内的土地所有权争议，由上一级人民政府处理。争议涉及面广、情况复杂的，由省、直辖市、自治区人民政府或者国务院土地管理机关组织有关部门组成仲裁委员会进行调解和裁决，仲裁委员会应当履行下列职责：由省、直辖市、自治区人民政府或者国务院批准实施。（6）地方单位和个人与驻军之间的土地所有权争议，由县级以上人民政府处理；双方的土地跨县、市、省的，参照上述规定。当事人对有关政府的决定不服的，可以在接到通知之日起三十日内，依照土地管理法第十三条的规定，向人民法院起诉。但在土地权属争议解决前，任何一方不得改变土地现状或者损坏附着物。

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