目前，防伪税控认证系统发现涉嫌违规发票分无法认证、认证不符、密文有误、重复认证、认证时失控、认证后失控和纳税人识别号认证不符(发票所列购买方纳税人识别号与申报认证企业的纳税人识别号不符)等类型。

(一)属于无法认证、纳税人识别号认证不符和认证不符中的发票代码号码认证不符(密文与明文相比较，发票代码或号码不符)的发票，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。税务机关应将发票原件退还企业，企业可要求销售方重新开具。

(二)属于重复认证、密文有误和认证不符(不包括发票代码号码认证不符)、认证时失控和认证后失控的发票，暂不得作为增值税进项税额的抵扣凭证，税务机关扣留原件，移送稽查部门作为案源进行查处。经税务机关检查确认属于税务机关责任以及技术性错误造成的，允许作为增值税进项税额的抵扣凭证;不属于税务机关责任以及技术性错误造成的，不得作为增值税进项税额的抵扣凭证。属于税务机关责任的，由税务机关误操作的相关部门核实后，区县级税务机关出具书面证明;属于技术性错误的，由税务机关技术主管部门核实后，区县级税务机关出具书面证明。