区别有：

1、保证责任不同，履约保函是由担保人为施工方(申请人)向业主(受益人)提供的，保证施工方履行工程建设合同责任和义务，承包商不履行合同的，业主可要求保证人在保函金额内承担保证责任。预付款保函是预付款保证担保，指由保证人为施工方向业主提供的，保证人对施工方履行扣还预付款义务的保证。

2、担保时间不同，履约保函担保往往要贯穿整个项目，时间比较长。预付款保函担保的时间往往不长，一般30-90天。

一、保证金的收取比例是多少

保证金比例是指投资者交付的保证金与融资、融券交易金额的比例，具体分为融资保证金比例和融券保证金比例。应该视具体情况具体分析。履约保证金是履约担保形式之一。而履约担保是工程发包人为防止承包人在合同执行过程中违反合同规定或违约，并弥补给发包人造成的经济损失。其形式有履约保证金、履约银行保函和履约担保书三种。招标人和中标的投标人在签订合同后，即成为接受承包人和承包人。承包人必须向接受承包人提供银行开立的履约保函，金额一般为合同金额的10%-15%，以确保承包人按合同条款履约。否则，由银行负责赔偿一定金额，最高不超过履约保函的总金额。

二、担保人被起诉财产会冻结吗

担保人是指为债务担保保证的人，担保人为债务人的债务提供保证后，就承担一定的责任，当债务人不偿还债务时，担保人有责任为债务人偿还债务，那么担保人被起诉财产会冻结吗?担保责任分为一般保证责任和连带保证责任，如果你承担的是一般保证责任，可以主张有还债能力的债务人没有履行其义务时可以不承担义务;如果是连带保证责任，债务人到期不履行债务，保证人就需要承担保证责任。所以答案是财产会被冻结的。在债权人起诉债务人或担保人前和起诉中，即诉前保全及诉中保全，债权人向法院申请并提供担保后，法院在四十八小时内做出裁定，并立即采取保全措施。如果案件判决后，担保人需要承担还款责任的，被冻结的财产就会被划扣、拍卖;如果案件判决后，担保人不需要承担还款责任的，就会解除冻结，如果因冻结对被冻结财产所有人造成损失的，所有人还可以像申请保全的申请人要求赔偿。