合同事实上已不能履行的应作以下处理：

1、依法应由当事人通过和解、仲裁、调解、起诉等方式处理；

2、如果当事人能够协商一致的，可以变更合同；

3、如果无法变更的，可以解除合同，并要求违约方承担相应责任，但因不可抗力导致合同不能履行的除外。

主合同履行完毕的纠纷怎么处理

主合同履行完毕后产生纠纷的，当事人可以协商处理，如果协商不成的，可以向人民法院起诉。《中华人民共和国民法典》第五百五十八条【债权债务终止后的义务】债权债务终止后，当事人应当遵循诚信等原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密、旧物回收等义务。《中华人民共和国民事诉讼法》第三条适用范围人民法院受理公民之间、法人之间、其他组织之间以及他们相互之间因财产关系和人身关系提起的民事诉讼，适用本法的规定。

《中华人民共和国民法典》第五百六十二条

当事人协商一致，可以解除合同。

当事人可以约定一方解除合同的事由。解除合同的事由发生时，解除权人可以解除合同。

第五百六十三条

有下列情形之一的，当事人可以解除合同：

（一）因不可抗力致使不能实现合同目的；

（二）在履行期限届满前，当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行主要债务；

（三）当事人一方迟延履行主要债务，经催告后在合理期限内仍未履行；

（四）当事人一方迟延履行债务或者有其他违约行为致使不能实现合同目的；

（五）法律规定的其他情形。

以持续履行的债务为内容的不定期合同，当事人可以随时解除合同，但是应当在合理期限之前通知对方。