按病种付费方式，全称为诊断分类定额预付制。它是根据疾病分类法，将住院病人疾病按诊断分为若干组，每组又根据疾病的轻重程度及有无合并病、并发症分为几级，对每一组不同级别都分别制定费用标准，按此标准对某组某级疾病诊疗全过程一次性向医院支付费用。

按病付费的原理是想使非常复杂的和随机的医疗支付过程变得标准化，在这种付费方式中，医疗机构对每个病人提供的服务的全过程被看作是一个产品，对治疗过程中使用的任何一个项目的费用不加考虑，而把疾病的诊断作为确定服务预算价格的标识。

但采用按病种付费有两个技术难点：一是如何确定一个明确的诊断，二是如何对每一个疾病类别合理确定成本，在目前我国城镇职工基本医疗保险制度刚刚建立的情况下，采用这种方式，需要慎重考虑。