一、银行扣押房屋产权证是否合法

将房屋抵押给银行的，办理抵押登记时，原房产证应该是由房屋登记机关留存，而不是由银行留存的，所以银行留存一般是不合法的，登记机关应当房产证上作他项权利记载后，由抵押人收执向抵押人发房屋他项权证。《城市房地产抵押管理办法》第三十四条以依法取得的房屋所有权证书的房地产抵押的，登记机关应当在原《房屋所有权证》上作他项权利记载后，由抵押人收执。并向抵押权人颁发《房屋他项权证》。以预售商品房或者在建工程抵押的，登记机关应当在抵押合同上作记载。抵押的房地产在抵押期间竣工的，当事人应当在抵押人领取房地产权属证书后，重新办理房地产抵押登记。《不动产登记暂行条例实施细则》第六十六条自然人、法人或者其他组织为保障其债权的实现，依法以不动产设定抵押的，可以由当事人持不动产权属证书、抵押合同与主债权合同等必要材料，共同申请办理抵押登记。抵押合同可以是单独订立的书面合同，也可以是主债权合同中的抵押条款。

二、购买的房产是抵押房产怎么办

若发现购买的房产是抵押房产，建议购房人到房地产所在地的房地产管理部门查询抵押登记的有关情况。

如果查实开发商已经办理了购房人所购房屋的抵押登记手续，且抵押行为在购房人与开发商签订购房合同之前，根据法律规定，开发商只有在取得抵押权人(即贷款银行)书面同意的情况下才能将作为抵押物的房屋转让给购房人，否则，其转让行为无效。

在此情况下，购房人与开发商签订的商品房买卖合同无效，购房人有权要求开发商返还已支付的购房款，并赔偿其因此所遭受的利息及其他损失。

如果查实开发商的抵押行为在购房人与开发商签订商品房买卖合同之后，则购房人可依据商品房买卖合同的有关约定要求开发商承担因房产抵押所可能造成的购房人无法按期办理产权证等损失。

我们可以了解到按照规定将房屋抵押给银行的情况下办理抵押登记时，原房产证应该是由房屋登记机关留存，而不是由银行留存的，所以说银行扣押房屋产权证是不合法的。