在强奸案件中，立案证据主要包括以下几种：被害人陈述、犯罪嫌疑人供述和辩解、发现场遗留的物证、受害人可能遭受暴力的物品类证据、受害人可能遭受性侵害且遗留有加害人体液的内裤、衣服、卫生巾等物品，以及现场遗留的饮料、水杯、针管、针剂或者酒瓶、酒杯等物证。

受害人不指认的情况下，其陈述可以作为直接证据，但需要结合其他相关证据进行综合考量和判断。而同伙的指认可以作为证据使用，但需要看是否足以证明被指认人就构成犯罪，还需要其他证据进行综合考量。