工程预付款肯定是要扣回的。施工企业承包工程，一般实行包工包料，需要有一定数量的备料周转金，由建设单位在开工前拨给施工企业一定数额的预付备料款，构成施工企业为该承包工程储备和准备主要材料、结构件所需的流动资金。

预付款还可以带有动员费的内容，以供组织人员、完成临时设施工程等准备工作之用；预付款相当于建设单位给施工企业的无息贷款。