如何调解长期占用土地，可以向村委会、乡政府请示调解，也可以向法院起诉，保护自己的合法权益。根据《中华人民共和国农村土地承包法》第九条规定，国家保护集体土地所有人的合法权益和承包人承包经营土地的权利，任何组织和个人不得侵犯。另外，当事人不愿协商、调解或者协商、调解不成的，可以向农村土地承包仲裁机构申请仲裁，也可以直接向人民法院提起诉讼。第五十一条因土地承包经营发生争议的，双方可以协商解决，也可以提请村民委员会、乡（镇）人民政府调解。第五十三条任何组织和个人侵犯承包人土地承包经营权的，应当承担民事责任。