看实际情况而定：

其一、如果该施工协议是双方当事人的真实意思表示，并且该协议内容合法的，则该协议有法律效力；

其二、不符合上述情况的，该施工协议没有法律效力。

《民法典》第一百四十六条行为人与相对人以虚假的意思表示实施的民事法律行为无效。以虚假的意思表示隐藏的民事法律行为的效力，依照有关法律规定处理。

一、如何进行建设工程合同备案

法律对于建设工程合同的备案有具体的规定，《房屋建筑和市政基础设施工程施工招标投标管理办法》第47条规定：订立书面合同7日内，中标人应当将合同送工程所在地的县级以上地方人民政府建设行政主管部门备案。由此可知建设工程合同的备案是有期限的，要在7日内到指定的部门备案。备案的流程包括以下几项：

1、网上申报。上首先承包人登陆政府门户网站，然后在建设工程合同备案管理信息系统进行合同备案网上申报，根据合同的具体性质、内容在对应的合同备案表中填写相关信息，打印出带条型码的合同备案表。

2、办理备案手续。合同当事人携带相关资料到合同备案管理机构办理合同备案手续。

3、正式签发合同备案表。备案机构审核合同当事人提供的合同备案资料，符合要求的，加盖合同备案专用章。

二、建筑施工合同纠纷应该怎么处理

采用和解、协调、仲裁、诉讼等四种方式：

1、和解这是解决争议的最佳方式，争议方通过磋商对工程造价有争议的部分进行沟通，相互谅解，达成共识，这样既能解决争议，防止损失扩大，又有利于双方的友好合作。这种解决方式多用于争议分歧不大，争议方对争议理解差距较小，且争议方都愿做出让步前题下。

2、协调这是解决争议的很好方式，争议方在造价管理部门的协调下，对造价争议中涉及的定额套用、工程量计算规则、材料价格调整、费率标准、工程造价文件时效性等造价争议问题予以明确，通过造价管理部门的协调，使争议方的造价纠纷得到解决。采用这种方式解决争议，多源于争议方对计价依据、相关造价政策的理解不够，对造价管理部门专业知识权威性的信赖或依赖政府部门的行业管理和行政手段。

3、仲裁这是一种对争议问题作出具有法律约束力的书面裁决，争议方可以根据合同约定或争议发生后达成的书面协议，提交仲裁机构对争议问题提请仲裁。裁决作出后，当事人不可以就同一纠纷再伸请仲裁或向法院提起诉讼，当事人只能对仲裁协议的效力有异议请求仲裁机委员会作出决定或者人民法院作出裁定。

4、诉讼这是对争议解决最终方式，争议方在合同中未约定仲裁条款，发生争议后又未达成书面仲裁协议或仲裁协议无效的争议方可依法将争议提交人民法院受理，由人民法院依据司法程序通过调查、作出判决、采取强制措施等来处理纠纷。

法院有管辖权的限制，对于建设工程合同的纠纷一般都由不动产所在地的专属管辖，这就是说发生争议只能向工程所在地的人民法院提请诉讼。

以上四种方式和解、协调有利于消除合同当事人的对立情结，能够较经济、及时解决纠纷。仲裁、诉讼是使纠纷的解决具有法律约束力，是解决纠纷的最有效的解决方式，但相对于和解、协调必须付出仲裁费和诉讼费等相应费用和一定的时间。