按照双方劳动合同约定的赔偿标准进行支付。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

玩忽职守罪造成经济损失的认定

根据刑法第三百九十七条的规定，玩忽职守罪是指国家机关工作人员严重不负责任，不履行或者不认真履行职责，致使公共财产，国家和人民利益遭受重大损失的行为。因此，玩忽职守罪必须在客观上给公共财产、国家和人民利益造成重大损失。有无重大损失，是构成本罪与非罪的重要界限。由此可见，直接经济损失是构成玩忽职守罪客观方面的主要内容，又是认定玩忽职守罪的主要依据。依照玩忽职守罪的定义，可以将玩忽职守罪的直接经济损失理解为：国家机关工作人员严重不负责任、不履行或不认真履行职责，直接造成国家、集体经济利益的重大损失。

根据玩忽职守罪的立案标准，直接经济损失达到以下标准的，即可立案：

1、造成个人财产直接经济损失15万元以上；

2、造成公共财产或者法人、其他组织财产直接经济损失30万元以上；

3、虽未达到1、2两项数额标准，但1、2两项合计直接经济损失30万元以上。

《工资支付暂行规定》第十六条因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。