一、拆迁协议是与哪个部门签订

依据我国相关法律的规定，房屋拆迁补偿协议是由房屋征收部门与被征收人，依照国有土地上房屋征收与补偿条例的规定签订的。

《国有土地上房屋征收与补偿条例》

第二十五条房屋征收部门与被征收人依照本条例的规定，就补偿方式、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项，订立补偿协议。

补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

二、签订拆迁补偿协议时要注意什么问题

1、补偿没谈好千万不要轻易签字，否则签完协议之后才发现补偿不合适，维权难度就很大了。

2、审查签订合同的主体是否具有合法的资格。也就是搞清楚您跟谁签订的拆迁补偿协议，这个单位是否有权利与您签订协议，有没有履行协议的能力，如果签订的主体没有资格、不合法，将来极有可能无法履行协议，给您带来巨大损失。

3、安置补偿的各项内容是否约定清楚。比如补偿款的总金额及各项补偿内容的具体明细，补偿款的支付时间及支付式，安置房的位置、房号，安置土地的面积及具体位置、土地性质等等，千万不要轻信拆迁工作人员的话，签订内容约定不清的协议或空白协议。

4、明确约定合同履行的程序和违约责任。很多拆迁项目都要求合同签订后马上腾退房屋，在交房后才支付拆迁补偿款，这种约定对于被拆迁人来说风险是很大的。因此，我们签订协议时，一定要跟拆迁方约定好，如果不能按时支付补偿款或者按时安置房屋的补救措施和违约责任，避免到时候拆迁方任性违约。